Yunzz's 코딩정리

Tensorflow에서는 GPU에 메모리 지정 방식을 바꿀 수 있는 2개의 옵션을 제공한다. 1) allow_growth import tensorflow as tf config = tf.ConfigProto() config.gpu.options.allow_growth = True session = tf.Session(config=config) ... 해당 옵션을 True로 설정할 경우, GPU 메모리가 전부 할당되지 않고 아주 적은 비율만 할당되어 시작해서 프로세스의 메모리 수요에 따라 증가하게 된다. GPU 메모리를 모두 사용하고 있는 상황을 피할 때 유용한 옵션이며, 다만 증식만 가능하기 때문에 연산이 끝나고 메모리가 필요 없는 상황에서 할당 된 메모리를 판납하지 않으므로 메모리 파편화를 일으킬 수 ..

RDKit의 molzip() 함수를 활용하면 Core+Fragment 조합 생성이 가능함. 예시) Benzene Core에 2가지 종류의 R-Group 조합 생성 Core R1 R2 c1cc([*:1])cc([*:2])c1 c1ccc2cc([*:1])ccc2c1 c1ccc2cc3cc([*:2])ccc3cc2c1 from rdkit import Chem core = "c1cc([*:1])cc([*:2])c1" r1 = "c1ccc2cc([*:1])ccc2c1" r2 = "c1ccc2cc3cc([*:2])ccc3cc2c1" sample = Chem.MolFromSmiles(f'{core}.{r1}.{r2}') mol = Chem.molzip(sample) smi = Chem.MolToSmiles(mol) p..