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Yunzz's 코딩정리
[Python] RDKit 활용한 분자구조 재조합 (Molecule Enumeration)
RDKit의 molzip() 함수를 활용하면 Core+Fragment 조합 생성이 가능함. 예시) Benzene Core에 2가지 종류의 R-Group 조합 생성 Core R1 R2 c1cc([*:1])cc([*:2])c1 c1ccc2cc([*:1])ccc2c1 c1ccc2cc3cc([*:2])ccc3cc2c1 from rdkit import Chem core = "c1cc([*:1])cc([*:2])c1" r1 = "c1ccc2cc([*:1])ccc2c1" r2 = "c1ccc2cc3cc([*:2])ccc3cc2c1" sample = Chem.MolFromSmiles(f'{core}.{r1}.{r2}') mol = Chem.molzip(sample) smi = Chem.MolToSmiles(mol) p..
Coding/Python
2024. 1. 23. 10:05